FEV_KEGG.Experiments.49 module¶
Question¶
Which neofunctionalised enzymes cause the core metabolism of Deltaproteobacteria to have increased redundancy? How much do they contribute?
Method¶
- get clade
- get core metabolism
- calculate “neofunctionalised” ECs
- calculate redundancy
- REPEAT for each “neofunctionalised” EC contributing to redundancy
- report enzyme pairs of neofunctionalisations, which caused the EC to be considered “neofunctionalised”, and are in return contributing to redundancy
Result¶
- ::
core metabolism majority: 80% neofunctionalisation majority: 0% (this means that gene duplication within a single organism is enough)
Deltaproteobacteria:
core metabolism ECs: 228
“neofunctionalised” ECs: 36 (16%)
Neofunctionalisations contributing to robustness: 84 (afw:Anae109_3317 [2.2.1.1], afw:Anae109_1136 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (ccx:COCOR_06741 [2.2.1.1], ccx:COCOR_04847 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (daf:Desaf_0090 [2.2.1.1], daf:Desaf_2970 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (daf:Desaf_0304 [2.2.1.1], daf:Desaf_2970 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (dal:Dalk_1064 [2.2.1.1], dal:Dalk_0836 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (das:Daes_0077 [2.2.1.1], das:Daes_0911 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (das:Daes_1972 [2.2.1.1], das:Daes_0911 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (dav:DESACE_00060 [2.2.1.1], dav:DESACE_03180 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (des:DSOUD_0657 [2.2.1.1], des:DSOUD_2394 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (deu:DBW_3054 [2.2.1.1], deu:DBW_2425 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (dfi:AXF13_13965 [2.2.1.1], dfi:AXF13_05800 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (dgg:DGI_1348 [2.2.1.1], dgg:DGI_2795 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (dhy:DESAM_21173 [2.2.1.1], dhy:DESAM_20160 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (dol:Dole_1130 [2.2.1.1], dol:Dole_1662 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (dsa:Desal_0558 [2.2.1.1], dsa:Desal_0740 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (dsa:Desal_0574 [2.2.1.1], dsa:Desal_0740 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (dsf:UWK_02797 [2.2.1.1], dsf:UWK_02514 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (dti:Desti_0148 [2.2.1.1], dti:Desti_1492 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (dvu:DVU2530 [2.2.1.1], dvu:DVU1350 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gao:A2G06_13760 [2.2.1.1], gao:A2G06_03585 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gao:A2G06_13760 [2.2.1.1], gao:A2G06_08130 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gbm:Gbem_0280 [2.2.1.1], gbm:Gbem_1258 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gbm:Gbem_0280 [2.2.1.1], gbm:Gbem_3362 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (geb:GM18_0317 [2.2.1.1], geb:GM18_1116 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (geb:GM18_0317 [2.2.1.1], geb:GM18_3441 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gem:GM21_0265 [2.2.1.1], gem:GM21_0883 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gem:GM21_0265 [2.2.1.1], gem:GM21_3025 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gem:GM21_3397 [2.2.1.1], gem:GM21_0883 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gem:GM21_3397 [2.2.1.1], gem:GM21_3025 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (geo:Geob_0666 [2.2.1.1], geo:Geob_2629 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (geo:Geob_0666 [2.2.1.1], geo:Geob_3664 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (geo:Geob_1002 [2.2.1.1], geo:Geob_3664 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (geo:Geob_1368 [2.2.1.1], geo:Geob_2629 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (geo:Geob_1368 [2.2.1.1], geo:Geob_3664 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (glo:Glov_0796 [2.2.1.1], glo:Glov_2182 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (glo:Glov_0796 [2.2.1.1], glo:Glov_2235 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gme:Gmet_0552 [2.2.1.1], gme:Gmet_1934 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gme:Gmet_0552 [2.2.1.1], gme:Gmet_2822 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gpi:GPICK_02900 [2.2.1.1], gpi:GPICK_04075 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gpi:GPICK_02900 [2.2.1.1], gpi:GPICK_07275 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gsb:GSUB_02815 [2.2.1.1], gsb:GSUB_06155 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gsu:GSU2918 [2.2.1.1], gsu:GSU0686 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gsu:GSU2918 [2.2.1.1], gsu:GSU1764 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gur:Gura_0492 [2.2.1.1], gur:Gura_1018 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (gur:Gura_0492 [2.2.1.1], gur:Gura_2175 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (hmr:Hipma_0012 [2.2.1.1], hmr:Hipma_0985 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (msd:MYSTI_06833 [2.2.1.1], msd:MYSTI_05093 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (mym:A176_003863 [2.2.1.1], mym:A176_002255 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (pace:A6070_13365 [2.2.1.1], pace:A6070_06815 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (pca:Pcar_2719 [2.2.1.1], pca:Pcar_1667 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (pef:A7E78_11150 [2.2.1.1], pef:A7E78_02750 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (sfu:Sfum_1302 [2.2.1.1], sfu:Sfum_1418 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (sur:STAUR_0056 [2.2.1.1], sur:STAUR_5425 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (vin:AKJ08_0731 [2.2.1.1], vin:AKJ08_1262 [2.2.1.7]) => [1.2.1.12, 2.2.1.2, 2.7.9.2, 5.1.3.1] (dao:Desac_2517 [4.1.3.-], dao:Desac_2262 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (des:DSOUD_3191 [4.1.3.-], des:DSOUD_3192 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (deu:DBW_3264 [4.1.3.-], deu:DBW_3265 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (dml:Dmul_22810 [4.1.3.-], dml:Dmul_24040 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (gao:A2G06_12745 [4.1.3.-], gao:A2G06_14565 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (gao:A2G06_14560 [4.1.3.-], gao:A2G06_14565 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (gbm:Gbem_3700 [4.1.3.-], gbm:Gbem_3701 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (geb:GM18_4149 [4.1.3.-], geb:GM18_4150 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (gem:GM21_3795 [4.1.3.-], gem:GM21_3796 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (geo:Geob_0693 [4.1.3.-], geo:Geob_0692 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (glo:Glov_1018 [4.1.3.-], glo:Glov_1019 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (gme:Gmet_0389 [4.1.3.-], gme:Gmet_0388 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (gpi:GPICK_02240 [4.1.3.-], gpi:GPICK_02235 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (gsb:GSUB_02545 [4.1.3.-], gsb:GSUB_02540 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (gsb:GSUB_08845 [4.1.3.-], gsb:GSUB_02540 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (gsu:GSU3095 [4.1.3.-], gsu:GSU3096 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (gur:Gura_4053 [4.1.3.-], gur:Gura_4054 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (hmr:Hipma_0215 [4.1.3.-], hmr:Hipma_1516 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (hoh:Hoch_6609 [4.1.3.-], hoh:Hoch_0379 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (llu:AKJ09_08130 [4.1.3.-], llu:AKJ09_08203 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (pace:A6070_12850 [4.1.3.-], pace:A6070_13200 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (pace:A6070_13195 [4.1.3.-], pace:A6070_13200 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (pca:Pcar_2684 [4.1.3.-], pca:Pcar_2685 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (pef:A7E78_08220 [4.1.3.-], pef:A7E78_08225 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (ppd:Ppro_3055 [4.1.3.-], ppd:Ppro_3056 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (samy:DB32_003842 [4.1.3.-], samy:DB32_003841 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (sat:SYN_01451 [4.1.3.-], sat:SYN_00761 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (scl:sce5886 [4.1.3.-], scl:sce2813 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (sfu:Sfum_0483 [4.1.3.-], sfu:Sfum_1215 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-] (sfu:Sfum_3692 [4.1.3.-], sfu:Sfum_1215 [5.3.1.16]) => [2.4.2.-]
Neofunctionalisations contributing to target-flexibility: 637 (dbr:Deba_2503, dbr:Deba_2748) => {2.3.1.180, 6.4.1.2, 2.3.3.1} (gpi:GPICK_07650, gpi:GPICK_10380) => {1.1.1.22, 2.7.7.9} (dps:DP0045, dps:DP2716) => {1.1.1.22} (geb:GM18_4171, geb:GM18_0750) => {1.1.1.22, 2.7.7.9} (dti:Desti_2341, dti:Desti_2003) => {2.3.1.180, 6.4.1.2, 2.3.3.1} (dhy:DESAM_22470, dhy:DESAM_20338) => {2.7.6.1, 2.6.1.16, 2.2.1.2, 2.2.1.1} (glo:Glov_3365, glo:Glov_0479) => {1.1.1.22, 2.7.7.9} (gao:A2G06_13760, gao:A2G06_03585) => {2.2.1.2, 5.1.3.1, 2.7.1.40, 2.7.6.1, 2.2.1.1, 5.3.1.1, 2.6.1.16, 1.2.1.12, 2.7.9.2, 1.4.1.1} (mxa:MXAN_4684, mxa:MXAN_4731) => {2.1.3.2} (dbr:Deba_2140, dbr:Deba_2773) => {1.1.1.22, 2.7.7.9} (dti:Desti_0219, dti:Desti_1457) => {2.3.1.180, 6.4.1.2, 2.3.3.1} (dpi:BN4_12584, dpi:BN4_12643) => {2.3.1.180, 6.4.1.2, 2.3.3.1} (deu:DBW_3264, deu:DBW_3265) => {2.4.2.-} (pca:Pcar_1804, pca:Pcar_1467) => {1.1.1.22, 2.7.7.9} (dma:DMR_28600, dma:DMR_00110) => {1.1.1.22} (gur:Gura_4053, 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Conclusion¶
Many neofunctionalisation events contribute to the redundancy of their function changes’ EC numbers. There are more contributing neofunctionalisations than contributing “neofunctionalised” ECs, which is to be expected, because usually several neofunctionalisations are responsible for the same function change. Also, many more neofunctionalisations contribute to flexibility than robustness, which is to be expected, too, because flexibility is by far the weaker (i.e. more common) type of redundancy.